Son varios los museos de gran importancia que se pueden visitar en Toledo para el disfrute de los amantes del arte y la historia. Destacan entre ellos:

• Museo de Santa Cruz: En el Hospital de Santa Cruz, con exposiciones permanentes y temporales.
• Museo del Ejército: En el Alcázar, donde se exhibe una gran exposición de la historia del ejército desde sus orígenes hasta nuestros días.
• Museo Sefardí: En la Sinagoga del Tránsito, con una importante exposición de arte hebreo.
• Museo del Greco: Junto a la Sinagoga del Tránsito, y que recoge importantes obras del pintor cretense asentado en Toledo. No hay que olvidar una visita a la cercana iglesia de Santo Tomé en donde se expone su obra cumbre de la pintura universal “El Entierro del Conde de Orgaz”.
• Museo del Hospital de Tavera, en donde destaca su colección de recipientes de cerámica de su antigua farmacia.
• Museo de los Concilios y Cultura Visigoda, en la iglesia de San Román.

Y otros museos de mayor o menor importancia ubicados a lo largo y ancho de toda la ciudad.